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Détection temps-réel de polypes colorectaux en vidéocolonoscopie

CONTEXTE

Le cancer colorectal représente le 3ème cancer le plus fréquent et la 2ème cause de décès par cancer dans les pays industrialisés. Ce cancer se développe majoritairement à partir de tumeurs appelées polypes qui correspondent à des excroissances à la surface interne de la paroi colorectale. Parmi celles-ci, les adénomes, représentant 70% des polypes, sont susceptibles de se transformer en tumeurs cancéreuses.

Le diagnostic du cancer colorectal est réalisé lors d’examens de coloscopie qui est l’examen de référence à l’échelle internationale. Aujourd’hui, près de 50% des diagnostics sont posés tardivement du fait notamment d’un taux de détection des polypes lors de l’examen de coloscopie insuffisant : seulement 75% environ de polypes sont détectés.

Ces polypes non découverts lors d’examens de coloscopie peuvent évoluer en cancer avant l’examen suivant. Il s’agit de cancers dits « cancers d’intervalle » représentant au moins 50% des cancers colorectaux diagnostiqués. L’amélioration du taux de détection de polypes lors de coloscopies représente donc un enjeu de santé publique majeur.

Les solutions existantes permettant d’améliorer ce taux de détection portent sur une amélioration de la visualisation de la muqueuse ou sur une augmentation de l’angle de vision des endoscopes. Aucun dispositif ne permet d’alerter directement le gastro-entérologue de la présence d’un polype alors qu’il a été démontré une forte variabilité de résultats entre cliniciens du fait d’analyse souvent trop rapide, de manque d’expérience ou de manque d’attention.

Afin de diminuer ces biais dans la détection, l’équipe ASTRE du laboratoire ETIS a développé un logiciel permettant de détecter des polypes à partir d’images 2D issues de vidéocolonoscopie. Les résultats des tests préliminaires en termes de spécificité et de sélectivité permettent d’atteindre des taux respectivement de 91% et 95.2% dans la phase d’apprentissage.

Le logiciel ainsi développé apportera une aide au gastro-entérologue en temps réel lors du déroulé de la coloscopie. Un signal alertera directement le clinicien de la présence d’un polype dont la localisation sera signifiée par un rectangle affiché sur l’écran de suivi du clinicien.

Mêmes si ces résultats semblent satisfaisants, les objectifs de ce post-doc seront d’adapter ce logiciel aux conditions réelles d’examen (en termes de qualité d’images traitées et d’analyse vidéo) à partir d’une base de données d’images enrichie (prise en compte de structures anatomiques présentes dans le côlon telles des diverticules) et de réaliser des premiers tests lors d’examens de coloscopie.

MISSIONS

Pour cela, les principales missions du post-doc seront :

  • Recherche de nouveaux descripteurs
  • Optimisation des méthodes de classification
  • Développement de l’application sous OpenCV
  • Evaluation des performances et positionnement par rapport à l’état de l’art.
  • Valorisation des résultats

Le post-doctorant participera aux réunions d’avancement du projet et présentera ses travaux dans des conférences ou revues internationales.

CADRE

Ce post-doc, financé par le Projet «Logiciel de détection de polypes en temps réel » de la SATT IDFinnov se déroulera au laboratoire ETIS de l’Université de Cergy-Pontoise, en coopération étroite avec le service Service Hépato gastro entérologie de l’hôpital Saint-Antoine (APHP) à Paris.

PROFIL

Le post-doc recherché possèdera une formation Bac+8 en informatique ou électronique avec une double compétence en en traitement d’image et en machine learning (Computer Vision).

SALAIRE ET DEBUT DE CONTRAT

2400 euros net/mois, 01/02/2016

CONTACTS

Aymeric Histace : aymeric.histace@ensea.fr, Olivier Romain : olivier.romain@ensea.fr

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